Joint NFDI, de.NBI & DZIF Metagenomic Training Course 2024

Ziel dieses dreitägigen Workshops ist es, den Studierenden einen kurzen Überblick über die Werkzeuge und Bioinformatik-Techniken zu geben, die für die Analyse von Next Generation Sequence (NGS)-Daten aus mikrobiellen Gemeinschaften zur Verfügung stehen. Das Format besteht aus einer Mischung aus Vorträgen und praktischen Übungen, in denen die Studenten Beispieldatensätze in Echtzeit in der de.NBI-Cloud-Umgebung verarbeiten.

Eine kompakte Einführung in das Linux-Betriebssystem und die Nutzung der Kommandozeilenschnittstelle wird dem einführenden Teil vorgeschaltet, um eine einheitliche Basis für die folgenden Vorlesungen zu gewährleisten. Nach der Behandlung allgemeiner Aspekte der sequenzbasierten Analyse (z.B. Pre-Processing, Qualitätsmessungen, Fehlerbehandlung) werden die Vor- und Nachteile der Ganzmetagenomsequenzierung erläutert. Da die WGS-Metagenomik das Potenzial hat, das gesamte Spektrum genombasierter Fragestellungen abzudecken, liegt der Schwerpunkt hier auf der Assemblierung, dem Binning und der taxonomischen und funktionellen Analyse mit Hilfe verschiedener bioinformatischer Werkzeuge.

Im letzten Teil werden Nextflow-Workflows vorgestellt, um nf-core-Workflows für automatisierte und reproduzierbare metagenomische Analysen zu nutzen.

Agenda:

Di, 6. Februar 2024, 11-17 Uhr:
Introduction to de.NBI, NFDI4Microbiota & de.NBI Cloud, Introduction to Linux, Data Processing

Mi, 7. Februar, 9-17 Uhr:
Metagenomics - Introduction & Assembly, Assembly Evaluation, Binning, MAG Classification & Annotation
Data Processing - ENA Data Submission

Do, 8. Februar 2024, 9-16 Uhr:
Nextflow Workflows - Introduction into Nextflow, nf-core for Assembly, Binning & Profiling, Hands-on nf-core

Voraussetzungen:
Der Kurs ist für Einsteiger konzipiert. Für die Teilnehmenden gibt es keine Voraussetzungen außer einigen Grundkenntnissen in Mikrobiologie, NGS-Daten und NGS-basierten Analysen.

Anmeldung:
Der Kurs ist bereits voll ausgebucht. Eine Anmeldung ist leider nicht mehr möglich.

Kontakt:
Für Fragen zum Inhalt des Workshops steht Sebastian Juenemann zur Verfügung. Fragen zu organisatorischen Themen beantwortet Cordula Hege.